Seoses Esimese maailmasõja lõppemisega 1918. aasta novembris pidid Saksa okupatsiooniväed Eestist lahkuma ning samaaegselt hakati tegema ettevalmistusi Punaarmee võimaliku sissetungi vastu võitlemiseks. Selles vallas kerkis energilise organiseerijana esile Kaitseliidu juhatuse esimees kaugsõidukapten Johan Pitka. Lisaks relvastuse ja laskemoona hankimisele organiseeris Pitka mitmesuguste väeüksuste moodustamist ning juba 11.–12. novembril 1918 pidas Tallinna Laevaühisuse kaupluse ruumides meremeeste koosoleku. Olles pidanud neile sütitava kõne, veenis ta paljusid vabatahtlikult Kaitseliiduga ühinema ja asuma rannakaitset moodustama. Samuti õnnestus Pitkal veenda 15. novembril Sadamatehaste töölisi astuma Kaitseliitu, suruda maha kommunistide mässukatse suurtükilaeval „Lembit“ ning juba 30. novembril organiseerida rindele Eesti esimese soomusrongi. Sellega sõitis Pitka rindele, osaledes Punaarmee vastases võitluses kuni 15. detsembrini Vaivara, Oru, Jõhvi, Sonda ja Rakvere lähistel toimunud lahingutes. Rindel viibides hoomas Pitka sõjalise olukorra tõsidust ja pidas vaenlase pealetungi takistamiseks Eesti sõjalaevade kaasamist. Tema resoluutne seisukoht oli, et tahtmisest üksinda ei piisa – vältimaks Eesti Vabariigi okupeerimist Punaarmee poolt, peab tahe väljenduma reaalsetes tegudes. Sõjaministri otsusega määratigi kaugsõidukapten Pitka alates 21. detsembrist 1918 sõjalaevade „Lembit“ ja „Laine“ ülemjuhatajaks. Tal oli õigus määrata sõjalaevadele ükskõik milliselt teiselt laevalt meremehi ning ta võis kaasata sõjalistesse operatsioonidesse tsiviillaevu kõikidest Eesti Vabariigi asutustest. Sellega oli mereväes tekkinud dualistlik juhtimine, kus Mereväe Valitsuse ülem asekapten Rudolf Schiller tegutses sisuliselt mereväe ülemana ning Merejõudude juhataja oli sõjalaevastiku operatiivjuht.
Pitka juhtimisel sekkus Eesti väikene sõjalaevastik kohe lahingutegevusse, tehes 23. detsembril 1918 esimese dessandi Kundasse. Nimetatud mereoperatsiooniga külvati omajagu segadust Eestis tegutsenud Punaarmee väeosade juhatuses, kes nüüdsest olid sunnitud osa Tallinna suunas edasitungivatest vägedest paigutama rannakaitsele. Ajavahemikul 23. detsember 1918 kuni 17. jaanuar 1919 tehti Pitka juhtimisel Põhja-Eesti rannikule vastase tagalasse kokku 10 dessanti, mille tulemusena suudeti tagasi vallutada Narva linn. Peagi jäätus ka Soome laht ja sellega ka Eesti mereväe lahingutegevuse esimene etapp. Seejärel määras sõjavägede ülemjuhataja kindral Johan Laidoner kõik Eesti riiklikud merendusasutused ühes merekaitsega merejõudude juhataja Pitka alluvusse. Kontradmiral Johan Pitka juhatas Eesti Merejõudusid kuni 27. novembrini 1919, mil ta läks pikale tervisepuhkusele. Enda mälestustes kirjutab ta Vabadussõja lõpu kohta: „tundsin ennast nii ära töötanud ja kurnatud olevat, et paar nädalat voodis lamasin“.
Ülevaate koostas Eesti Meremuuseumi teadur meresõjanduse vallas Arto Oll. Tema koostatud ülevaatega otsusest moodustada Mereväe Valitsus saate tutvuda sellel lingil. Lennusadama vesilennukite angaaris avatud meremuuseumis ootab teid näitus „Kajutivestlused Johan Pitkaga“, mis räägib merejõudude juhataja esimestest mereretkedest.
