Eesti Meremuuseumi peamised uurimisvaldkonnad on merearheoloogia ja meresõjandus. Lisaks on püsiekspositsiooni ja ajutiste näituste kontekstis fookuses ka navigatsioon ja kuulsad mereretked, samuti reisilaevaliiklus.
Merearheoloogia töögrupp uurib merearheoloogiaga seotud pärandit nii Eesti vetes kui ka maismaal, järgides oma tegevusvaldkonna kaasaegseid teaduspõhimõtteid ja UNESCO veealuse kultuuripärandi kaitse konventsiooni. Eesmärgiks on tuua näituste, haridustegevuse ja kommunikatsiooni kaudu laiema publikuni meelejäävad lood merepõhjas lebavatest leidudest ja aaretest.
Meresõjanduse uurmisvaldkond on lai ning keskendub peamiselt Eesti ja välisarhiivides leiduvate materjalide läbitöötamisele ning publitseerimisele, samuti Eesti Meremuuseumi enda kogudes oleva materjali analüüsile. Hiljutised uurimisteemad on olnud „Läänemere meresõjalised strateegiad 1920-1940” ja „Eesti Merevägi Vabadussõjas 1918-1920“.
Koostöös Eesti Meremuuseumiga saavad õpilased ja üliõpilased teha uurimistöid. Vaata lähemalt sellel lingil.
Kõrgkoolide vilistlased, kelle lõputöö käsitleb Eesti merenduse ajalugu on oodatud taotlema Eesti Meremuuseumi rahalist preemiat kord aastas läbiviidaval konkursil. Tutvu selle statuudiga sellel lingil. Uuri käesoleva konkursi tähtaegu SIIT