Eesti Meremuuseumi materjalide kasutamisel tuleb viidata kasutatud allikatele järgmiselt:
- Ajalooliste esemete ja allveearheoloogia kogu: muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis ja kogu seeria number, nt MM 4/1 Aj e 466 ja MM 2403/1 Aa 20
- Sama süsteem kehtib ka ajalooliste esemete alakogude puhul:
tekstiilikogu: MM 675/2 Aj t 330
märgikogu: MM 771/1 Aj mk 426/1
mudelikogu: MM 54 Aj mu 4
etnograafiakogu: MM 93 Aj ek 115
meretehnika kogu: MM 253 Aj mt 56
mererelvastuse kogu: MM 4864 Aj mr 20
veesõidukid: MM 13461 Aj vs 12 - Dokumendikogu: dokumendi nimetus, sulgudes (muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis ja kogu seeria number): nt New Yorgi Eesti Töölisklubi liikmepilet välja antud August Allemowile (MM 439/1 D 3/1)
- Fotokogu: muuseumitähis, kogutähis, kogu seeria number ja foto nimetus: nt MM F 11/1 Taaliku sadam
- Merekaartide kogu viitamisel: muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis, kogu seeria number, kaardi pealkiri ja kaardi autor ja/või väljaandja: nt MM 550/5 Mk 9/5 Liivi laht Väljaandja: Eesti Veeteede Amet
- Audiovisuaalsete säilikute kogu viitamisel: muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis, säiliku nimetus: nt MM 12339 Av DVD Tallinna Merepäevad 2009
- Fondiraamatukogu viitamisel: autor, raamatupealkiri, ilmumiskoht, ilmumisaasta, lk nr ja sulgudes lisatuna (muuseumitähis, tulemnumber, kogutähis, kogu seeria numer) nt: Peterson, O. Merikaubandusõigus: õpperamat merikoolidele, Tallinn 1925, lk 20 (MM 576/8 Frk 1/8).
- Kunstikogu viitamisel: muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis, kogu seeria number, teose autor (kui autor ei ole teada, siis märkida tundmatu autor) ja pealkiri nt: MM 20 K 2 M. Mei „Aurulaev „Storfürsten““
- Trükistekogu viitamisel: muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis, kogu seeria number, trükise nimetus, nt: MM 852/1 Tr 5/7 kalakonservikarbi etikett Tallinna kilud
- Väärismetallikogu viitamisel: muuseumitähis, tulmenumber, kogutähis, kogu seeria number, nt MM 1873 Aj v 1095.
- Teadusliku abikogu viitamisel: eseme, säiliku nimetus, muuseumitähis, kogutähis, number, nt Kirjavahetus (MM TA di 6).