Целевое учреждение Морской музей Эстонии действует на основании устава.
Четырьмя основными направлениями программы деятельности музея являются:
- привлечение внимания посетителей как из Эстонии, так и из-за рубежа связанными с морем увлекательными историями;
- развитие в качестве разностороннего образовательного центра;
- формирование признанного центра истории морского дела;
- формирование эффективно управляемой и результативной инновационной организации.