Tallinna sadamas 1935. aastal avatud Meremuuseum sai tegutseda vaid viis aastat, kui muuseum 1940. aastal pärast Nõukogude okupatsiooni algust külastajatele suleti. Muuseum riigistati ja anti Eesti Riikliku Merelaevanduse alluvusse.
Sama aasta novembris likvideeriti muuseumi asukoht sadamas. Kavatsus oli see uuesti avada Mereklubi ruumides Uus-Sadama tänaval. Muuseumi direktoriks määrati endine jäämurdja Suur Tõll kapten Benjamin Valter. Alanud sõda ei lasknud aga plaani ellu viia.
Ajaleht Eesti Sõna kirjutas 1942. aasta 20. novembril: „Tallinna Meremuuseumil oli eile ja üleeile jüripäev. Kogu muuseumi sisustus, mis seisis enam kui aasta sissepakituna Uus-Sadama tänavas endise Tallinna merekooli õppekabinetis, koliti merekooli õpilaste poolt Toompeale Ajaloomuuseumi juure. Seal loodetakse meremuuseum peatselt korrastada ja külalistele avada“. Ka seal avamist ei toimunud. Kuni sõja lõpuni olid muuseumivarad hoiul suurtükitorni Kiek in de Kök keldris.
Pärast sõda sai varade hoidjaks Tallinna Linnamuuseum. 1959. aastal loodi muuseumi juurde mereasjanduse ajalugu käsitlev osakond. Algul kahe, hiljem kolme töötajaga. Alustati meremuuseumi varade kokku kogumist, mis vahepeal olid deponeeritud Haapsalu, Saaremaa ja Pärnu muuseumidesse ning Tallinna Merekooli. Käidi ka rannakülades muuseumi tarbeks uut materjali kogumas.
1960. aastal tehti näitus „Eesti ja meri“, mis osutus väga külastatuks. 24 päeva jooksul käis seda vaatamas üle kuue tuhande inimese. 1961. aasta 1. juulist loodi aga kultuuriministri käskkirjaga Tallinna Linnamuuseumi merenduse osakonna baasil Eesti Riiklik Meremuuseum. Direktoriks sai Ants Pärna. Sobilike ruumide puudusel tegi muuseum uksed rahvale külastamiseks lahti alles 1965. aasta 22. oktoobril endises Tallinna Linnamuuseumi hoones aadressil Pikk 70.
Meremuuseum oli lõpuks taasavatud!